Fonoskopia, podobnie jak inne dziedziny kryminalistyki, ma swoje zasadnicze ograniczenia w zastosowaniu. Jeśli na przykład poddana analizie porównawczej DNA próbka dowodowa zawiera zbyt mało materiału organicznego, wówczas prowadzona badania identyfikacyjne albo nie doprowadzą do wyniku rozstrzygającego, albo wynik ten obarczony będzie zbyt dużym błędem. Podobnie w fonoskopii - jeśli nagranie charakteryzuje się zbyt złą jakością dźwięku, wówczas albo nie będą możliwe do przeprowadzenia żadne ze zleconych badań fonoskopijnych, albo też wyniki tych badań będą obarczone zbyt dużym błędem. W przypadku spisywania treści wypowiedzi z nagrań o zbyt niskiej jakości może dochodzić do konieczności pomijania (\"wykropkowywania\") dużej ilości niezrozumiałych wypowiedzi, co może prowadzić do gubienia kontekstu dla tych wypowiedzi, które zdołano odsłuchać. Poza tym wypowiedzi już odsłuchane mogą być błędne w tym sensie, że ich treść nie odpowiada rzeczywistości. W przypadku prowadzenia badań identyfikacyjnych rozmówców w oparciu o próbki mowy o zbyt niskiej jakości, należy oczekiwać braku rozstrzygnięcia co do tożsamości porównywanych próbek mowy. Gorzej jednak jeśli uzyskane wyniki badań identyfikacyjnych (w szczególności ilościowe) prowadzą do mylnych wniosków - tj. wykazują toższamość porównywanych próbek mowy tam, gdzie w rzeczywistości jej nie ma, lub na odwrót - wykazują zasadnicze podobieństwo porównywanych sygnałów mowy w sytuacji, gdy w rzeczywistości porównywane próbki należą do dwóch różnych osób. Błędna identyfikacja mówców kończy się fatalnie zarówno dla samego eksperta, jak i dla osób, których wypowiedzi były identyfikowane. Jednakże niska jakość dźwięku w nagraniu nie musi oznaczać problemów podczas prowadzenia badań autentyczności takiego nagrania. Zazwyczaj niska jakość nagrania wiąże się z rejestracją zakłóceń o silnie zróżnicowanym w czasie widmie amplitudowym, co paradoksalnie stanowi sporą pomoc w analizie autentyczności danego zapisu. Bywają jednak sytuacje, kiedy pogorszenie jakości nagrania następuje w wyniku ingerencji w jego oryginalne widmo (np. zastosowanie nadmiernej kompresji danych dźwiękowych), wówczas pewne cechy widmowe badanego nagrania mogą ulec zniekształceniu, czy zatarciu. W takim przypadku badania autentyczności zapisu dźwiękowego będą znacznie utrudnione. Wbrew pozorom nagrania o bardzo złej jakości dźwięku nie są rzadkością w praktyce fonoskopijnej. Wystarczy na przykład zastosować niewłaściwą technikę kamuflażu urządzenia rejestrującego, czy nagrywać rozmowę ze zbyt dużej odległości, w obecności źródeł zakłóceń (grające radio, nadmierny hałas uliczny, itp.), by pogorszyć jakość nagrywanej rozmowy do tego stopnia, że badania fonoskopijne stają się niemożliwe do przeprowadzenia
